第二代试管婴儿主要针对男性严重少弱精、精子畸形率高等情况，但再先进的技术都存在两面性，第二代试管婴儿同样也存在缺陷，就是会有遗传疾病的风险，有很多父母在使用二代试管婴儿怀孕并生下孩子以后，会发现自己的孩子有很多母体或者父亲身上的遗传疾病，也就是是第二代试管不能筛选遗传病。

第二代试管婴儿的缺点：

1、第二代试管婴儿因为是挑选单个优秀精子，人为地注射到卵子里面，属于强制受精。因此，在精子注入卵子的过程中可能对精子内部结构造成少许损伤。

2、第二代试管婴儿受精移植是通过肉眼观察来确定移植的精子质量，所以会存在缺陷的精子可能被误认为优秀的精子而进行受精。

3、第二代试管的受精率虽然高，但优胚率、囊胚率以及妊娠率，可能比一代概率稍低。

4、第二代试管的流产率要比第一代高。

第二代试管宝宝畸形的原因：

1、染色体异常

男女双方的精子和卵子出现了排异的情况，染色体出现了异状，所以在胚胎成功之后，会出现胎儿畸形。

2、高龄产妇

高龄产妇的卵细胞的质量会发生一定程度的退化，而且在染色体方面变异、出现畸形的可能性也很高。

3、多胎妊娠

多胞胎是特别容易导致出现宝宝畸形的，而且在器官方面出现问题的几率也会比较的大。

4、病毒感染

妊娠期感染病毒后可引起流产、早产、死胎、宫内发育迟缓及低体重儿，对存活的胎儿可导致先天畸形及其它系统改变。

第二代试管婴儿的后遗症：

1、卵巢过度刺激综合症

卵巢过度刺激综合症是试管婴儿过程中比较常见的并发症，这种病症发生率比较高，主要表现为恶心呕吐，出现大量的腹水，对身体有一定的影响。

2、盆腔感染

在手术过程中，虽然不需要开刀，但是也是非常容易发生感染的，尤其是多次试管的女性，盆腔感染的概率会非常的高。

3、子宫、输卵管受伤

如果操作不当很容易损伤子宫以及输卵管，还会影响到二次试管，所以做试管婴儿最好去正规的医院。

4、宫外孕

在试管着床期间，如果游离至输卵管内部并着床，可能导致宫外孕。

5、心理创伤

选择试管的时候开始就预示着可能出现很多情况，有的一次即可成功，有的则备受折磨，最后换来的仍然是失望，这对于心理上带来的创伤相当严重。